Genomcenter

Leitung   Oliver Weichenrieder
Labormanager:   Christa Lanz, Heike Budde
     
Telefon:   +49 7071 601-348, +49 7071 601-1446
   

Einleitung

Die Einrichtung des Genomzentrums und die Abteilung für Molekulare Biologie (Detlef Weigel) etablierten die neue Generation von DNA Sequenziermethoden an unserem Institut schon im Jahr 2007, und damit schon sehr früh. Inzwischen sind sequenzierungsabhängige Ansätze für den Großteil unserer Arbeitsgruppen von fundamentaler Bedeutung. Diese Ansätze beinhalten die Rekonstruktion von Genomen ’de novo’, die Detektion von Varianten, Metagenomik, Chromatinanalyse, die Rekonstruktion von Transkriptomen basierend auf vollständigen oder teilweisen RNA Fragmenten, die Analyse kleiner RNA Moleküle und Methoden der Einzelzellanalyse aus so verschiedenartigen Organismen wie Wirbeltieren, Insekten, Würmern, Pflanzen, Braunalgen, Pilzen, Ciliaten und Mikroben.

Das Genomzentrum betreibt ein Sequel II Gerät von Pacific Biosciences zur ’Echtzeit’-Sequenzierung von einzelnen DNA Fragmenten mit höchster Präzision, wobei diese Längen von vielen Tausend Nukleotiden aufweisen (engl. single-molecule real-time oder SMRT sequencing). Außerdem beherbergt die Einrichtung eine HiSeq 3000 Plattform von Illumina, auf welcher routinemäßig kleine DNA Fragmente von beiden Seiten ansequenziert werden (2 x 150 Nukleotide) und die pro Lauf zirka 800 Gigabasen an Daten produziert. Schließlich gibt es auch noch ein MiSeq Gerät von Illumina, welches Sequenzdaten variabler Länge für kleinere Projekte generiert.

Das Genomzentrum garantiert einen schnellen, verlässlichen und qualitativ hochwertigen Sequenzierservice und unterstützt die Entwicklung von neuen Anwenderprotokollen. Die Einrichtung bildet interne und externe Wissenschaftler in der Herstellung von Genbibliotheken aus und bietet Laborarbeitsplätze und Unterstützung mit technischem Gerät für die Herstellung der Genbibliotheken und die Qualitätskontrolle.

Publikationen

Geräteausstattung

  • Sequel II, Pacific Biosciences
  • HiSeq 3000 and cBot, Illumina
  • MiSeq, Illumina
  • Chromium, 10x Genomics
  • Femto Pulse, Agilent Technologies
  • Bioanalyzer 2100, Agilent Technologies
  • Sage ELF, Sage Science
  • BluePippin, Sage Science
  • CHEF-DR III, BioRad
  • Megaruptor 2, Diagenode
  • Covaris S2, KBiosciences
  • Qubit 2.0 Fluorimeter, Invitrogen
  • Viaflo 96, Integra