Genomcenter

Applikationen

Genomsequenzierung verschiedener Arten, z. B. Bakterien, Pflanzen und Nematoden. 
Mapping und Identifikation von Mutanten durch DNA-Sequenzierung. 
Sequenzierung von Chromatin-Immunpräzipitiertem Material (ChIP-seq). 
Small RNA- und Transkriptom-Analysen (sRNA-seq and RNA-seq).

LeitungDetlef Weigel, Christa Lanz
Sekretärin:Hülya Wicher
Telefon:07071 601-1411
Fax:07071 601-1412

Einleitung

Mit dem „ABI3730xl 96-well Kapillarsequenzierer“ (Installation: 2002) bietet das Genomcenter einen DNA-Sequenzierservice an. Es können sowohl Einzelproben in Tubes als auch im Hochdurchsatz im 96-Well- beziehungsweise 384-Well-Plattenformat sequenziert werden. Die Einzelproben in Tubes umfassen Single Read-Sequenzierungen von Plasmiden und PCR-Fragmenten und  die Hochdurchsatz-Sequenzierungen von BAC-Sequenzen und Fosmiden umfasst. Die durchschnittliche Leselänge einer Standard-Sequenzierung auf dem ABI3730xl beträgt 700 bis 800 Basenpaare, die maximale Leselänge 1 100 Basenpaare. Die tägliche Kapazität des Geräts beträgt etwa eine Megabase (1MB). Die abgegebenen Proben werden von den Mitarbeitern bearbeitet und stehen innerhalb eines Werktags wieder zur Abholung bereit. 

Neben dem ABI3730xl besaß das Max-Planck-Institut für Entwicklungsbiologie bereits 2007 als eines der ersten Institute Europas einen Illumina-Genomeanalyser der zweiten Generation (GAII) (früher Solexa). Ende 2008 wurde ein zweites Gerät installiert. Die beiden Analyser wurden seitdem kontinuierlich aufgerüstet und sind auf dem aktuellsten Stand der GAIIx-Spezifikation. Auf Grund dieser Upgrades, unter anderem vielfältige Hardware- und Reagenzienverbesserungen, hat sich der Durchsatz dramatisch erhöht – von einem Gigabase (1GB) pro Run auf 80GB. Das war nur möglich, weil sich die Leselänge eines 32bp Single End Reads auf 150bp Paired End Read gesteigert hat. 

 

Geräteausstattung

Sequel (PacBio)
Hiseq3000 mit cBot (Illumina)
Miseq (Illumina)
ABI 3730xl DNA Analyzer (Applied Biosystems)
Pipetting robot (Beckman Coulter Biomek® 2000)
DNA isolation robot (Qiagen BioRobot 8000)
S2 Series (Covaris)
Hydroshear plus
Megaruptor v2 (Diagenode)
Qubit (Invitrogen)
CHEF-DR III (Bio-Rad)
BluePippin (Sage Science)
Sage ELF (Sage Science)
ALFS 50V (Thermo Scientific)
2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies)